微生物分子分型-MLST课程大纲
课时1:微生物分型的意义
——分型的必要性
课时2:微生物分型的惯用手段
——表型分型方法
——分子分型方法
课时3:常用核酸分型方法
——9种常用核酸分型方法
——不同方法的优劣
MLST分型技术介绍
课时4:MLST分型原理
——MLST的基本原理
——相关理论及概念
——与其他分子分型的比较
课时5:MLST分析方法
——分析流程
——基本要素及要求
MLST相关数据库介绍
课时6:pubMLST数据库介绍
——数据库结构组成
——数据库各部分功能
——数据库各部分关联
课时7:其他数据库介绍
——4个pubMLST补充数据库介绍
课时8:pubMLST在线分型
——利用基因/基因组序列获得基因型
——利用等位基因谱确定分形
——序列及等位谱下载
——数据查询
——适用操作技巧及建议
课时9:pubMLST高级插件分析
——BURST分析及结果解读
——GrapeTree分析及结果解读
——系统进化分析原理及方法
——其他使用技巧
课时10:pubMLST数据上传
——数据上传类型及数据库介绍
——上传数据要求
——提交新的ST型
——提交新的等位基因序列
——提交信息的查看及删除
课时11:基于Linux的MLST分型
——软件包说明及安装
——使用说明及操作
——基本信息查看
课时12:线下数据库更新
——手动更新数据库
课时13:自定义分型方案
——手动添加自定义分型方案
课时14:常用软件及算法介绍
——MLST下游分析介绍
——常用软甲及算法介绍
——eBURST算法介绍
——goeBURST算法介绍
——克隆复合体(cc)相关概念及原理说明
课时15:可视化分析实战
——PHYLOViX软件原理介绍
——分析内容介绍
——操作方法
——图片美化
——数据导出
——结果解读
课时16:层级聚类分析
——线下层级聚类(提供脚本)
——结果美化及高级
课时17:案例分享(一)
——1977-2018年世界范围内分离的马氏塔洛氏菌的时空分布情况
课时18:案例分享(二)
——环境-动物-临床来源艰难梭菌的基因组比较和传播分析
课时19:案例分享(三)——大肠埃希菌引起社区获得性血流感染的临床分子流行病学特征研究