遗传密码子偏好性研究【课程大纲】
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第一章：密码子及密码子偏好性
课时1：密码子及密码子偏好性
课程内容：
（1）三联体密码子的发现
（2）密码子偏好性
（3）密码子偏好性的影响因素
（4）密码子偏好性的研究意义
第二章：密码子偏好性衡量指标
课时2：密码子偏好性的衡量指数
课程内容：
包括以下指数的含义，计算方法，注意事项，在文章中的应用等
（1）RSCU
（2）CAI
（3）ENC
（4）FOP
（5）CBI
（6）GCs
第三章：密码子偏好性研究方法
课时3：ENC-plot 分析目的
课程内容：结果解读，生物学意义，文章示例
课时4：Neutrality curve
课程内容：分析目的，结果解读，生物学意义，文章示例
课时5：PR2
课程内容：分析目的，结果解读，生物学意义，文章示例
课时6：COA
课程内容：分析目的，结果解读，生物学意义，文章示例
第四章：叶绿体/线粒体密码子研究及案例分享
课时7：叶绿体/线粒体基因组基本概况
课程内容：了解基因组特征及研究方向
课时8：叶绿体/线粒体案例分享（一）
课程内容：通过对密码子使用模式分析，研究基因的多样性以及不同植物个体之间的遗传距离
课时9：叶绿体/线粒体案例分享（二）
课程内容：研究编码基因和假基因密码子偏好性的不同，以及与基因表达之间的关系，探讨两类基因对植物寄生特性及进化的作用。
第五章：密码子偏好性研究实战—CodonW
课时10：交互界面版操作
课程内容：手把手教学+命令解读+疑问解答+有效避坑，界面版简单易上手
课时11：命令行操作
课程内容：命令行实现批量操作+命令差异解析+分析思路梳理
课时12：结果解读
课程内容：Codonw结果解读+常见误区
第六章：密码子偏好性研究实战—CUSP
课时13：cusp操作实战
课程内容：手把手教学+结果解读+常见雷区
第七章：密码子偏好性研究实战—作图
课时14：R语言基本操作
课程内容：软件安装+基本操作
课时15：ENc-plot绘图
课程内容：图片解读+绘图实操+完整脚本
课时16：中性绘图
课程内容：图片解读+数据处理+绘图实操+完整脚本
课时17：PR2绘图
课程内容：图片解读+数据处理+绘图实操+完整脚本
课时18：RSCU作图（单样本）
课程内容：图片解读+绘图实操+完整脚本
课时19：RSCU作图（多样本）
课程内容：图片解读+绘图实操+完整脚本
课时20：COA绘图
课程内容：图片解读+绘图实操+完整脚本
第八章：病毒的进化与适应性研究
课时21：病毒进化与适应性相关指数
课程内容：包括以下指数的含义，计算方法，注意事项，在文章中的应用等
（1）RCDI
（2）CAI
（3）SiD、
（4）ENC
（5）RSCU
（6）SCUO
第九章：病毒的进化与适应性研究案例分享
课时22：病毒进化与适应性案例分享（一）
课程内容：通过研究密码子使用模式，分析新冠病毒对宿主的适应性，传播的中间宿主，预测未来的感染性
课时23：病毒进化与适应性案例分享（二）
课程内容：通过对病毒密码子的分析，研究在传播过程中不同宿主对寨卡病毒进化的影响以及与疫情大爆发的关联
第十章：病毒的进化与适应性研究-实战
课时24：vhcub操作实战
课程内容：手把手教学计算各个指数
课时25：批量分析
课程内容：命令行实现批量操作
第十一章：密码子优化
课时26：密码子优化
课程内容：密码子优化的必要性，目前的常用方法，以及和基因表达相关的其他因素
