【课程】基因组结构分析神器Easyfig实操精品课

课程获取方式

课程链接：http://college.mimazi.net/course/article-41.html

课程简介

本套课程不是简单的软件操作指南，而是以常见科学问题为指引，教会大家如何通过easyfig软件实现比较基因组研究中常见热点问题的高效解决：

A.目标基因簇结构的进化变异；

B.目的基因遗传环境的多样性分析；

C.基因水平转移分子证据研究；

D.杂合质粒形成的分子证据研究；

E.其他与基因结构变异相关的科学问题的解决。

本套课程中不仅包含对软件所有功能的介绍、操作演示，输入文件的准备、调整、修改，图片的高级加工等，同时对该软件能解决的科学问题进行系统的说明，从理论背景、问题提出、问题解决、结果呈现等环节教给大家问题的解决方案。

课程特点

1、已配置好的一键化软件安装包，解压即可使用，有效避免各类环境配置问题；
2、共计13个课时，详解了各类情形的应用，案例均附带示例数据及示例结果；
3、软件上手快，从标准化常规出图到高级使用及图片后加工均有详细讲解；
4、数据准备环节的原则和方法均有包含，一站式解决比较分析问题；
5、精选文章案例重现：杂合质粒形成的分子证据、耐药基因遗传多样性分析
6、汇集了软件使用、文件准备等过程中各类可能的问题以及解决方案。

示例图片

比较基因簇绘图（杂合质粒分析）

比较基因簇绘图（目的基因遗传多样性分析）

基因组共线性绘图（基因组的结构变异）

课程大纲

课时1：导言：基于基因簇和大片段研究微生物进化的方法

了解比较基因簇研究的常见方法和应用场景，简述整套课程的内容

课时2：EasyFig软件介绍、安装方法和软件配置修改

提供Eayfig软件安装包

（1）Easyfig的原理、文件要求和运行环境

（2）Easyfig的适用范围

（3）Easyfig的安装方法

（4）Easyfig的初始设置

课时3：基础绘图：使用EasyFig快速绘制比较基因簇图

学习使用Easyfig软件进行基因簇作图（示例文件+操作讲解+进程存储+进程读取）

课时4：高级绘图1：比较结果图片大小、图注、序列排布版式调整

图像整体调整（示例文件+操作讲解）

课时5：高级绘图2：比较结果中基因标签的选择与添加

基因图示和基因标签设置（示例文件+操作讲解）

课时6：高级绘图3：比对相似性阈值设置及图片美化处理

比对相似性区域设置（示例文件+操作讲解）

课时7：论文重现：使用EasyFig软件分析展示杂合质粒形成的分子证据

通过基因簇的图示化呈现杂合质粒各部分的来源（示例文件+绘图+参数调整+手把手教学）

课时8：高阶美化1：基因簇比较分析中序列起始位置调整实操指南

通过对环状序列的起始位置调整和AI后期美化使图像更美观或符合分析的需要（示例文件+结果文件）

课时9：高阶美化2：基因簇序列的截取与方向调整

序列方向的一致性和比对范围设置（示例文件+操作讲解）

课时10：论文重现：耐药基因遗传多样性分析

研究目的基因上下游的基因插入、缺失或排布差异（示例文件+绘图+参数调整+手把手教学）

课时11：高级绘图4：共线性图谱添加GC 含量，GC 偏移及自定义注释

共线性绘图+基因组特征讲解+示例文件+操作讲解

课时12：如何进行参考序列的选择

基本原则+情景再现

课时13：EasyFig软件使用中常见问题及解决方案

常见问题+错误图示+解决方案