高级版:实验室计算型服务器
应用场景:1、实验室网站、数据库等平台展示;2、比较基因组分析、基因组进化分析;3、各类型基因组组装和注释;4、扩增子分析、小数量宏基因组样本分析;5、各类型转录组数据分析;6、蛋白组、代谢组数据分析;7、其他数据比对或数据库展示。组成单元配置内容单
应用场景:
1、实验室网站、数据库等平台展示;
2、比较基因组分析、基因组进化分析;
3、各类型基因组组装和注释;
4、扩增子分析、小数量宏基因组样本分析;
5、各类型转录组数据分析;
6、蛋白组、代谢组数据分析;
7、其他数据比对或数据库展示。
组成单元 | 配置内容 | 单位 | 数量 |
塔式服务器 | |||
塔式服务器
(16核32线程,256G内存,32T存储) | 塔式服务器具体配置如下: 1个因特尔至强 银牌4216 CPU(16核/32线程, 2.1GHz) 4根64GB DDR4-2666MT/s服务器内存 2块1TB 2.5英寸固态硬盘,自带散热片 4块8T ASTA3企业级3.5英寸硬盘,支持扩充到8块硬盘 LSI 9361-8l 1G缓存,8 Port RAID卡(支持数据自动备份) 2个千兆级 网口 2个800W服务器电源,支持双电源供电,避免停电对服务器的上海 3年上门服务 | 台 | 1 |
显示器 | |||
显示器 | 23-24英寸超薄液晶显示器 | 台 | 1 |
鼠标键盘 | |||
有线鼠标+有线键盘 | 有线鼠标+有线键盘 | 套 | 1 |
集群系统软件 | |||
操作系统 | CentOS7系统(Linux系统) | 套 | 1 |
编译开发环境 | GNU C/C++编译器 | ||
GNU Fortran77/90编译器 | |||
GNU Debugger | |||
并行环境 | OpenMPI | ||
生物信息常用软件 | 30款生信软件部署,支持用户指定 | 套 | 1 |
生物信息常用数据库 | 10个免费数据库下载及部署,支持用户指定 | 套 | 1 |
生物信息分析流程搭建 (大部分分析环节支持一键化运行,操作简单快捷) | 基因组组装和比较分析流程、微生物多样性数据分析流程、宏基因组数据分析流程、转录组数据分析流程、重测序数据分析流程等【默认搭建一套分析流程】 | 套 | 1 |
维护 | |||
2年维护服务 | 包括每年2次系统巡检,系统故障处理【免费】 每年进行1次软件和数据库集中更新【免费】 2年内专业生信技能人员一对一提供技术支持服务【增值服务】 | 1 | |
服务器配置完成后,提供1次为期2天的技术实操培训(不限定参加人数)【免费】 |
说明:
1、硬件配置可以根据用户的实际需求动态调整,所有硬件均正版行货,有主板、CPU、内存、硬盘、电源、风扇、显示器等,自购买之日起,3年内非人为损坏导致的故障,免费保修;
2、两年内上门服务免交通费,超过2年的,上海之外的城市,另行协商收费委派;
3、服务热线:15618204007,QQ客服:2623982376,邮件:marketing@winnerbio.cn;
4、可选择部署的数据分析流程和对应的培训课程(包括线上文字版+视频版教程以及为期2天的线下面授培训):
流程类型 | 主要软件 |
基因组组装和注释流程 (含唯那生物自主开发的数据分析脚本和建议参数,所有软件,默认安装稳定版本而不一定是最新版本,如需安装最新版本,需提前告知)
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数据质控软件:Fastp、FastQC、Sickle、Trimmomatic 二代组装软件:SOAPdenovo、Velvet、GapCloser(用于二代测序优化补gap) 三代组装软件:Canu、Falcon、HGAP3、MECAT 二代单用或二代三代混装软件:SPAdes、MaSuRCA 基因组校正软件:Pilon(用二代数据校正)、NextPolish(支持纯二代数据、纯PacBio/Nanopore三代数据、二+三混合校正) 基因组组装评估:BUSCO 基因预测与注释:MAKER2(仅用于真核生物)、GlimmerHMM、Prodigal、GenMarkS、Barrnap、tRNA-scan-SE、Blast2go、DIAMOND、InterProScan 重复序列分析:TRF、RepeatMasker 基因组岛预测:IslandPath-DIMOB(仅用于原核生物) 圈图绘制:Circos 启动子预测:PromPredict 分泌蛋白预测:SignalP 跨膜蛋白预测:TMHMM 代谢相关系统分析:antiSMASH 数据库:NR、Swiss-prot、COG、GO、Pfam、CAZy(碳水化合物活性酶数据库)、CARD(耐药基因数据库)、VFDB(毒力基因数据库)、PHI(病原菌与宿主互作数据库)、KEGG(在线版,提供方法) |
比较基因组分析流程 (含唯那生物自主开发的数据分析脚本和建议参数,所有软件,默认安装稳定版本而不一定是最新版本,如需安装最新版本,需提前告知) | 共线性分析:Mauve、MCScanX 比较基因组圈图:BRIG 同源基因分析:OrthMCL 泛基因组分析:BPGA 多序列比对:ClustalW 水平转移分析:HGT_Finder 数据比对分析:BLAST+ 进化树分析:MEGA、RAxML |
微生物多样性分析流程 (含唯那生物自主开发的数据分析脚本和建议参数,所有软件,默认安装稳定版本而不一定是最新版本,如需安装最新版本,需提前告知) | 主流程分析软件:QUIIME2 数据质控软件:Fastp 数据拼接软件:FLASH 序列降噪和聚类:DADA2、Vsearch 序列数据统计、分类单元统计等:唯那生物自编写的Python脚本 物种分类注释数据库(最新版本):Silva、Greengenes、UNITE ASV/OTU数据抽平:QUIIME2嵌合流程 物种组成分析:Venn图、Heatmap图、Bar图、Pie图、Circos图相关绘制软件或R语言包 α/β分析:QUIIME2和相关R语言包、Python语言包 物种差异分析:PCA、PCoA、LEfSe、OPLS-DA、随机森林、Heatmap等,使用R语言包、Python语言包相应分析版块 相关性、共现性等分析:R语言包、Cytoscape软件等 功能预测分析:PICRUSt2 |
(原核或者真核)转录组分析流程 (含唯那生物自主开发的数据分析脚本和建议参数,所有软件,默认安装稳定版本而不一定是最新版本,如需安装最新版本,需提前告知) | 二代数据质控与统计:Trimmomatic、SOAPnuke、cutadapt、FastQC 比对参考基因组:Tophat2、HISAT2 转录组组装(仅用于真核无参):Trinity、StringTie 表达量分析:RSEM、Salmon、Kallisto 差异表达基因分析:DESeq2(有生物学重复)、DEGseq(物生物学重复)和edgeR(通用)、limma 基因富集分析:KEGG富集、GO富集 PPI蛋白质互作网络分析:使用STRING数据库 GSEA分析:基因集功能注释 WGCNA分析:共表达分析 转录因子预测和靶基因预测(针对于真核生物):数据和FIMO软件 新转录本预测:StringTie sRNA预测和靶基因预测(针对于原核生物):Rockhopper 操纵子预测(针对于原核生物):Rockhopper SNP、InDel分析:GATK、SAMtools 可变剪切(针对于真核生物):rMATS软件 |
定制化分析流程 (流程搭建周期会长,培训材料的准备时间也会更长一些) | 小RNA数据分析流程、甲基化分析流程、宏基因组分析流程、重测序和进化分析流程等 |
小工具、脚本集 (含使用教程,非定制类直接赠送) | 序列处理:GC含量计算、序列批量截取、FastA序列片段批量选取、FastQ序列转换FastA序列 图形绘制:Venn图绘制、Heatmap图绘制、气泡图绘制、PCA图绘制、箱线图绘制 其他类型脚本:支持定制 |
5、可选择部署的软件(供参考,支持另行指定):
软件类型 | 软件名称 |
基因组组装相关软件 | 数据质控软件:Fastp、FastQC、Sickle、Trimmomatic 二代组装软件:SOAPdenovo、Velvet、ABySS、Newbler 三代组装软件:Canu、Falcon、HGAP、MECAT、NextDenovo 二代单用或二代三代混装软件:SPAdes、pilon(包含校正功能)、MaSuRCA 基因组校正软件:variantCaller(用PacBio三代数据校正)、Racon(支持PacBio和Nanopore数据校正)、Pilon(用二代数据校正)、NextPolish(支持纯二代数据、纯PacBio/Nanopore三代数据、二+三混合校正) 基因组组装评估:BUSCO |
基因组分析相关 | 基因预测与注释:AUGUSTUS、MAKER2、GlimmerHMM、Prodigal、GenMarkS、Barrnap、tRNA-scan-SE、Blast2go、DIAMOND、InterProScan、MetaGene(宏基因组) 重复序列分析:TRF、RepeatMasker 基因组岛预测:IslandPath-DIMOB 圈图绘制:Circos、CGView、Sibelia 启动子预测:PromPredict 分泌蛋白预测:SignalP 跨膜蛋白预测:TMHMM 代谢相关系统分析:MapMan、antiSMASH
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比较基因组软件 | 共线性分析:Mauve、MCScanX、ACT、MUMmer 比较基因组圈图:BRIG 全基因组直系同源基因簇:OrhoVenn2 同源基因分析:OrthMCL 泛基因组分析:BPGA、PanGP、Pan-X、PGAP-X 多序列比对:MULSCLE、ClustalW、NUCmer 水平转移分析:HGT_Finder |
微生物多样性分析软件 | USearch、QIIME2、PICRUSt、Mothur、Tax4Fun |
比对软件 | HISAT2(转录组和基因组比对)、Tophat(转录组)、BLAST、BLAST+、HMMER、Blasr(三代数据)、BWA、DLIGNER、Bowtie2、Blat、SOAPaligner |
系统发育树软件 | MEGA、PAML、Phyml、RAxML、ExaBayes、Mrbayes、SplitsTree、Phylip、FigTree(展示)、TreeView(展示) |
甲基化分析软件 | Bismark |
SNP分析 | STAR(用于转录组分析)、GATK、SAMtools |
共表达分析 | WGCNA |
转录组组装 | Trinity(无参转录组)、Cufflinks、Stringtie |
基因表达定量 | RSEM、Salmon、Kallisto |
基因表达差异分析 | DESeq、DEGSeq、EBSeq、EdgeR |
miRNA预测 | miRDeep2 |
富集分析 | topGO(R语言包)、GOATOOLS(Python语言包) |
miRNA结合位点预测 | RNAhybrid、miRnada、miRDB、TargetFinder |
(植物)转录因子预测 | iTAK、PlantTFDB |
语言包软件 | Perl、Python、R |
常用运行环境 | Java |
其他类(支持定制) | Cytoscape、STAMP、MEGAN、metaAnnotator、MetaPhlAn等 |