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高级版:实验室计算型服务器

应用场景:1、实验室网站、数据库等平台展示;2、比较基因组分析、基因组进化分析;3、各类型基因组组装和注释;4、扩增子分析、小数量宏基因组样本分析;5、各类型转录组数据分析;6、蛋白组、代谢组数据分析;7、其他数据比对或数据库展示。组成单元配置内容单

  • 应用场景:
    1、实验室网站、数据库等平台展示;
    2、比较基因组分析、基因组进化分析;
    3、各类型基因组组装和注释;
    4、扩增子分析、小数量宏基因组样本分析;
    5、各类型转录组数据分析;
    6、蛋白组、代谢组数据分析;
    7、其他数据比对或数据库展示。

                    组成单元                    配置内容                    单位                    数量
                    塔式服务器
塔式服务器

                         

(16核32线程,256G内存,32T存储)

    塔式服务器具体配置如下:

    1个因特尔至强 银牌4216 CPU(16核/32线程, 2.1GHz)

    4根64GB DDR4-2666MT/s服务器内存

    2块1TB 2.5英寸固态硬盘,自带散热片

    4块8T ASTA3企业级3.5英寸硬盘,支持扩充到8块硬盘

    LSI 9361-8l 1G缓存,8 Port RAID卡(支持数据自动备份)

    2个千兆级 网口

    2个800W服务器电源,支持双电源供电,避免停电对服务器的上海

    3年上门服务

                    台                    1
                    显示器
                    显示器                    23-24英寸超薄液晶显示器                    台                    1
                    鼠标键盘
                    有线鼠标+有线键盘                    有线鼠标+有线键盘                    套                    1
                    集群系统软件
                    操作系统        CentOS7系统(Linux系统)                    套                    1
                    编译开发环境        GNU C/C++编译器
        GNU Fortran77/90编译器
         GNU Debugger
                    并行环境         OpenMPI
                    生物信息常用软件         30款生信软件部署,支持用户指定                    套                    1
                    生物信息常用数据库         10个免费数据库下载及部署,支持用户指定                    套                    1

                        生物信息分析流程搭建

                        (大部分分析环节支持一键化运行,操作简单快捷)

       基因组组装和比较分析流程、微生物多样性数据分析流程、宏基因组数据分析流程、转录组数据分析流程、重测序数据分析流程等【默认搭建一套分析流程】                    套                    1
                    维护
                    2年维护服务

       包括每年2次系统巡检,系统故障处理【免费】

       每年进行1次软件和数据库集中更新【免费】

       2年内专业生信技能人员一对一提供技术支持服务【增值服务】

                                         1
                    服务器配置完成后,提供1次为期2天的技术实操培训(不限定参加人数)【免费】
   

       说明:

        1、硬件配置可以根据用户的实际需求动态调整,所有硬件均正版行货,有主板、CPU、内存、硬盘、电源、风扇、显示器等,自购买之日起,3年内非人为损坏导致的故障,免费保修;

        2、两年内上门服务免交通费,超过2年的,上海之外的城市,另行协商收费委派;

        3、服务热线:15618204007,QQ客服:2623982376,邮件:marketing@winnerbio.cn;

        4、可选择部署的数据分析流程和对应的培训课程(包括线上文字版+视频版教程以及为期2天的线下面授培训):

         

                    流程类型                    主要软件

                         

基因组组装和注释流程

(含唯那生物自主开发的数据分析脚本和建议参数,所有软件,默认安装稳定版本而不一定是最新版本,如需安装最新版本,需提前告知)

                         

                         

数据质控软件:FastpFastQCSickleTrimmomatic

二代组装软件:SOAPdenovoVelvetGapCloser(用于二代测序优化补gap

三代组装软件:CanuFalconHGAP3MECAT

二代单用或二代三代混装软件:SPAdesMaSuRCA

基因组校正软件:Pilon(用二代数据校正)、NextPolish(支持纯二代数据、纯PacBio/Nanopore三代数据、二+三混合校正)

基因组组装评估:BUSCO

基因预测与注释:MAKER2(仅用于真核生物)、GlimmerHMMProdigalGenMarkSBarrnaptRNA-scan-SEBlast2goDIAMONDInterProScan

重复序列分析:TRFRepeatMasker

基因组岛预测:IslandPath-DIMOB(仅用于原核生物)

圈图绘制:Circos

启动子预测:PromPredict

分泌蛋白预测:SignalP

跨膜蛋白预测:TMHMM

代谢相关系统分析:antiSMASH

数据库:NRSwiss-protCOGGOPfamCAZy(碳水化合物活性酶数据库)、CARD(耐药基因数据库)、VFDB(毒力基因数据库)、PHI(病原菌与宿主互作数据库)KEGG(在线版,提供方法)

                         

比较基因组分析流程

(含唯那生物自主开发的数据分析脚本和建议参数,所有软件,默认安装稳定版本而不一定是最新版本,如需安装最新版本,需提前告知)

共线性分析:MauveMCScanX

比较基因组圈图:BRIG

同源基因分析:OrthMCL

泛基因组分析:BPGA

多序列比对:ClustalW

水平转移分析:HGT_Finder

数据比对分析:BLAST+

进化树分析:MEGARAxML

微生物多样性分析流程

(含唯那生物自主开发的数据分析脚本和建议参数,所有软件,默认安装稳定版本而不一定是最新版本,如需安装最新版本,需提前告知)

主流程分析软件:QUIIME2

数据质控软件:Fastp

数据拼接软件:FLASH

序列降噪和聚类:DADA2Vsearch

序列数据统计、分类单元统计等:唯那生物自编写的Python脚本

物种分类注释数据库(最新版本):SilvaGreengenesUNITE

ASV/OTU数据抽平:QUIIME2嵌合流程

物种组成分析:Venn图、Heatmap图、Bar图、Pie图、Circos图相关绘制软件或R语言包

α/β分析:QUIIME2和相关R语言包、Python语言包

物种差异分析:PCAPCoALEfSeOPLS-DA、随机森林、Heatmap等,使用R语言包、Python语言包相应分析版块

相关性、共现性等分析:R语言包、Cytoscape软件等

功能预测分析:PICRUSt2

(原核或者真核)转录组分析流程

(含唯那生物自主开发的数据分析脚本和建议参数,所有软件,默认安装稳定版本而不一定是最新版本,如需安装最新版本,需提前告知)

二代数据质控与统计:TrimmomaticSOAPnukecutadaptFastQC

比对参考基因组:Tophat2HISAT2

转录组组装(仅用于真核无参):TrinityStringTie

表达量分析:RSEMSalmonKallisto

差异表达基因分析:DESeq2(有生物学重复)、DEGseq(物生物学重复)和edgeR(通用)、limma

基因富集分析:KEGG富集、GO富集

PPI蛋白质互作网络分析:使用STRING数据库

GSEA分析:基因集功能注释

WGCNA分析:共表达分析

转录因子预测和靶基因预测(针对于真核生物):数据和FIMO软件

新转录本预测:StringTie

sRNA预测和靶基因预测(针对于原核生物):Rockhopper

操纵子预测(针对于原核生物):Rockhopper

SNPInDel分析:GATKSAMtools

可变剪切(针对于真核生物):rMATS软件

定制化分析流程

(流程搭建周期会长,培训材料的准备时间也会更长一些)

RNA数据分析流程、甲基化分析流程、宏基因组分析流程、重测序和进化分析流程等

小工具、脚本集

(含使用教程,非定制类直接赠送)

序列处理:GC含量计算、序列批量截取、FastA序列片段批量选取、FastQ序列转换FastA序列

图形绘制:Venn图绘制、Heatmap图绘制、气泡图绘制、PCA图绘制、箱线图绘制

其他类型脚本:支持定制

         

        5、可选择部署的软件(供参考,支持另行指定):

         

                    软件类型                    软件名称
                    基因组组装相关软件

数据质控软件:FastpFastQC、Sickle、Trimmomatic

二代组装软件:SOAPdenovo、Velvet、ABySS、Newbler

三代组装软件:Canu、Falcon、HGAP、MECAT、NextDenovo

二代单用或二代三代混装软件:SPAdes、pilon(包含校正功能)、MaSuRCA

基因组校正软件:variantCaller(用PacBio三代数据校正)、Racon(支持PacBio和Nanopore数据校正)、Pilon(用二代数据校正)、NextPolish(支持纯二代数据、纯PacBio/Nanopore三代数据、二+三混合校正)

基因组组装评估:BUSCO

                    基因组分析相关

基因预测与注释:AUGUSTUS、MAKER2、GlimmerHMM、Prodigal、GenMarkS、Barrnap、tRNA-scan-SE、Blast2go、DIAMOND、InterProScan、MetaGene(宏基因组)

重复序列分析:TRF、RepeatMasker

基因组岛预测:IslandPath-DIMOB

圈图绘制:CircosCGView、Sibelia

启动子预测:PromPredict

分泌蛋白预测:SignalP

跨膜蛋白预测:TMHMM

代谢相关系统分析:MapMan、antiSMASH

                         

                    比较基因组软件

共线性分析:Mauve、MCScanX、ACT、MUMmer

比较基因组圈图:BRIG

全基因组直系同源基因簇:OrhoVenn2

同源基因分析:OrthMCL

泛基因组分析:BPGA、PanGP、Pan-X、PGAP-X

多序列比对:MULSCLE、ClustalW、NUCmer

水平转移分析:HGT_Finder

   微生物多样性分析软件  USearch、QIIME2、PICRUSt、Mothur、Tax4Fun
                    比对软件

HISAT2转录组和基因组比对)、Tophat(转录组)BLAST、BLAST+、HMMER、Blasr(三代数据)BWA、DLIGNERBowtie2Blat、SOAPaligner

                    系统发育树软件MEGAPAMLPhymlRAxMLExaBayesMrbayesSplitsTreePhylipFigTree(展示)、TreeView(展示)
                    甲基化分析软件Bismark
SNP分析STAR(用于转录组分析)GATKSAMtools
                    共表达分析                    WGCNA
                    转录组组装Trinity(无参转录组)、CufflinksStringtie
                    基因表达定量                    RSEM、Salmon、Kallisto
                    基因表达差异分析DESeq、DEGSeq、EBSeqEdgeR
                    miRNA预测 miRDeep2
                    富集分析 topGO(R语言包)、GOATOOLS(Python语言包)
                    miRNA结合位点预测 RNAhybrid、miRnada、miRDB、TargetFinder
              (植物)转录因子预测 iTAK、PlantTFDB
                    语言包软件  Perl、Python、R
                    常用运行环境Java
                    其他类(支持定制)

 Cytoscape、STAMP、MEGAN、metaAnnotator、MetaPhlAn等

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