初级版：实验室塔式服务器
应用场景：1、实验室网站、数据库等平台展示；2、比较基因组分析、基因组进化分析；3、各类型基因组组装和注释；4、扩增子分析、小数量宏基因组样本分析；5、各类型转录组数据分析；6、蛋白组、代谢组数据分析；7、其他数据比对或数据库展示。组成单元配置内容单
应用场景：1、实验室网站、数据库等平台展示；2、比较基因组分析、基因组进化分析；3、各类型基因组组装和注释；4、扩增子分析、小数量宏基因组样本分析；5、各类型转录组数据分析；6、蛋白组、代谢组数据分析；7、其他数据比对或数据库展示。组成单元配置内容单
应用场景：
1、实验室网站、数据库等平台展示；
2、比较基因组分析、基因组进化分析；
3、各类型基因组组装和注释；
4、扩增子分析、小数量宏基因组样本分析；
5、各类型转录组数据分析；
6、蛋白组、代谢组数据分析；
7、其他数据比对或数据库展示。
| 组成单元 | 配置内容 | 单位 | 数量 |
| 塔式服务器 | |||
|
塔式服务器
（16核32线程，128G内存，16T存储） |
塔式服务器具体配置如下：
– 1个因特尔至强 银牌4216 CPU（16核/32线程, 2.1GHz） – 2根64GB DDR4-2666MT/s服务器内存 – 2块1TB 2.5英寸固态硬盘，自带散热片 – 2块8T ASTA3企业级3.5英寸硬盘，支持扩充到8块硬盘 – LSI 9361-8l 1G缓存，8 Port RAID卡 – 2个千兆级 网口 – 2个800W服务器电源，支持双电源供电，避免停电对服务器的上海 – 3年上门服务 |
台 | 1 |
| 显示器 | |||
| 显示器 | 23-24英寸超薄液晶显示器 | 台 | 1 |
| 鼠标键盘 | |||
| 有线鼠标+有线键盘 | 有线鼠标+有线键盘 | 套 | 1 |
| 集群系统软件 | |||
| 操作系统 | CentOS7系统（Linux系统） | 套 | 1 |
| 编译开发环境 | GNU C/C++编译器 | ||
| GNU Fortran77/90编译器 | |||
| GNU Debugger | |||
| 并行环境 | OpenMPI | ||
| 生物信息常用软件 | 30款生信软件部署，支持用户指定 | 套 | 1 |
| 生物信息常用数据库 | 10个免费数据库下载及部署，支持用户指定 | 套 | 1 |
| 维护 | |||
| 2年维护服务 |
包括每年2次系统巡检，系统故障处理【免费】 每年进行1次软件和数据库集中更新【免费】 2年内专业生信技能人员一对一提供技术支持服务【增值服务】 |
1 | |
| 服务器配置完成后，提供1次为期2天的技术实操培训（不限定参加人数）【免费】 | |||
说明：
1、硬件配置可以根据用户的实际需求动态调整，所有硬件均正版行货，有主板、CPU、内存、硬盘、电源、风扇、显示器等，自购买之日起，3年内非人为损坏导致的故障，免费保修；
2、两年内上门服务免交通费，超过2年的，上海之外的城市，另行协商收费委派；
3、服务热线：15618204007，QQ客服：2623982376，邮件：marketing@winnerbio.cn；
4、可选择部署的软件（供参考，支持另行指定）：
| 软件类型 | 软件名称 |
| 基因组组装相关软件 |
数据质控软件：Fastp、FastQC、Sickle、Trimmomatic 二代组装软件：SOAPdenovo、Velvet、ABySS、Newbler 三代组装软件：Canu、Falcon、HGAP、MECAT、NextDenovo 二代单用或二代三代混装软件：SPAdes、pilon（包含校正功能）、MaSuRCA 基因组校正软件：variantCaller（用PacBio三代数据校正）、Racon（支持PacBio和Nanopore数据校正）、Pilon（用二代数据校正）、NextPolish（支持纯二代数据、纯PacBio/Nanopore三代数据、二+三混合校正） 基因组组装评估：BUSCO |
| 基因组分析相关 |
基因预测与注释：AUGUSTUS、MAKER2、GlimmerHMM、Prodigal、GenMarkS、Barrnap、tRNA-scan-SE、Blast2go、DIAMOND、InterProScan、MetaGene（宏基因组） 重复序列分析：TRF、RepeatMasker 基因组岛预测：IslandPath-DIMOB 圈图绘制：Circos、CGView、Sibelia 启动子预测：PromPredict 分泌蛋白预测：SignalP 跨膜蛋白预测：TMHMM 代谢相关系统分析：MapMan、antiSMASH
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| 比较基因组软件 |
共线性分析：Mauve、MCScanX、ACT、MUMmer 比较基因组圈图：BRIG 全基因组直系同源基因簇：OrhoVenn2 同源基因分析：OrthMCL 泛基因组分析：BPGA、PanGP、Pan-X、PGAP-X 多序列比对：MULSCLE、ClustalW、NUCmer 水平转移分析：HGT_Finder |
| 微生物多样性分析软件 | USearch、QIIME2、PICRUSt、Mothur、Tax4Fun |
| 比对软件 |
HISAT2（转录组和基因组比对）、Tophat（转录组）、BLAST、BLAST+、HMMER、Blasr（三代数据）、BWA、DLIGNER、Bowtie2、Blat、SOAPaligner |
| 系统发育树软件 | MEGA、PAML、Phyml、RAxML、ExaBayes、Mrbayes、SplitsTree、Phylip、FigTree（展示）、TreeView（展示） |
| 甲基化分析软件 | Bismark |
| SNP分析 | STAR（用于转录组分析）、GATK、SAMtools |
| 共表达分析 | WGCNA |
| 转录组组装 | Trinity（无参转录组）、Cufflinks、Stringtie |
| 基因表达定量 | RSEM、Salmon、Kallisto |
| 基因表达差异分析 | DESeq、DEGSeq、EBSeq、EdgeR |
| miRNA预测 | miRDeep2 |
| 富集分析 | topGO（R语言包）、GOATOOLS（Python语言包） |
| miRNA结合位点预测 | RNAhybrid、miRnada、miRDB、TargetFinder |
| （植物）转录因子预测 | iTAK、PlantTFDB |
| 语言包软件 | Perl、Python、R |
| 常用运行环境 | Java |
| 其他类（支持定制） |
Cytoscape、STAMP、MEGAN、metaAnnotator、MetaPhlAn等 |
