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【课程】微生物基因组生信分析必学系列

11节课程,从理论到实操,快速入门,掌握微生物基因组研究的各类常用技能。

课程获取方式


课程链接:https://college.mimazi.net/course/article-39.html


课程目录

第一章:微生物基因组研究必学基础理论知识

第1节:细菌基因组测序方式:重测序、扫描图、完成图、转录组如何选择?

(1)什么是重测序?用于解决什么问题?

(2)什么是基因组草图/扫图图?

(3)如何获取完成图?

(4)一代测序、二代测序、三代测序该如何选择?

(5)怎样更有价值地使用转录组?

(6)测序方法与研究目的如何结合?

(7)基因组测序时质粒丢失现象该怎么解决?

第2节:细茵基因组研究思路和案例分享

(1)病原微生物、环境微生物、工业微生物的研究方向与组学分析方法有哪些?

(2)细菌基因组研究有哪些经典思路和有效方法?

(3)新物种紧定方法及案例分享;

(4)细菌环境适应性分析思路及案例分享。

第3节:常见的比较基因组分析方法有哪些?

(1)微生物基因组研究的热点和各类科学问题;

(2)比较基因组的文章都做了哪些分析?

(3)常见比较基因组分析方法和解决的实际问题;

(4)如何选择参考基因组?

(5)比较基因组分析常用软件、数据分析平台等资源材料分享。

第4节:什么是水平基因转移(HGT)?如何研究细菌的HGT?

(1)什么是水平基因转移(HGT)?

(2)HGT有什么生物学意义?

(3)微生物HGT研究的内容及方法有哪些?

(4)微生物HGT相关的经典案例解读。

第二章:微生物基因组生信分析必学常用操作

第1节:个人电脑上如何通过BLAST软件做比较基因组学分析?

(1)BLAST软件可以解决的各类科学问题;

(2)BLAST软件在比较基因组方面的应用场景;

(3)实战:个人电脑上用BLAST+软件找同源基因。

第2节:个人电脑上如何绘制高水平的基因组圈图?

(1)细菌基因组圈图的生物学意义和解读;

(2)真菌的比较基因组圈图解读;

(3)个人电脑上细菌基因组圈图的数据准备和实战绘图。

第3节:个人电脑上如何使用BRIG绘制比较基因组圈图?

(1)各类高水平的比较基因组圈图解读;

(2)BRIG软件的安装和环境搭建;

(3)实战:个人电脑上质粒比较基因组圈图绘制。

第4节:BRIG绘图高级使用和常见问题解决方案

(1)实战:给特征基因或片段添加备注信息;

(2)比较基因组圈图分析常见问题和产生原因分析;

(3)手把手教您处理各类报错。

第5节:微基因组上传NCBI必学要点

(1)细菌、真菌、质粒、病毒等,上传方法有什么异同?

(2)不同上传方式的区别与差异;

(3)上传过程中常遇到的问题和解决方案;

(4)上传流程和材料准备

(5)经验分享和建议

第6节:微生物进化树结构必学要点

(1)常见进化树类型有哪些?

(2)进化树的类型和展示方式代表着什么生物学意义?

(3)常见进化树软件的算法该如何选择?

(4)进化树结果解读;

(5)经验分享和建议。

第7节:微生物移动元件分析必学要点

(1)常见的移动元件类型有哪些?

(2)移动元件介导下的基因转移背后的生物学意义是怎样的?

(3)移动元件研究常用的生信分析方法有哪些?

(4)典型案例的解读;

(5)研究方法和经验分享

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